Laboratoria i infrastruktura
Laboratoria:
Laboratorium kultur tkankowych roślin
Badania nad roślinami zwykle obejmują uprawę roślin w kontrolowanym środowisku. Rośliny te mogą być inokulowane mikroorganizmami stymulującymi ich wzrost lub patogenami. Głównym zadaniem tego typu pomieszczenia jest utrzymanie jak najwyższej sterylności środowiska. Przygotowanie próbki roślinnej obejmuje głównie inokulację nasion lub tkanki roślinnej w warunkach aseptycznych (komora z przepływem laminarnym z filtrem HEPA), a następnie uprawa w sterylnych naczyniach laboratoryjnych, takich jak kolby, szalki Petriego lub plastikowe pudełka, w pomieszczeniu z kontrolowaną temperaturą i określonym natężeniem światła (LED).
Laboratorium chorób roślin
Laboratorium chorób roślin zajmuje się badaniem i kontrolą chorób występujących u ważnych ekonomicznie roślin uprawnych. Realizowane projekty dotyczą chorób roślinnych wywoływanych przez dwa główne typy fitopatogenów: wewnątrzkomórkowe patogeny (tj. wirusy) oraz organizmy prokariotyczne (głównie bakterie). Badamy odporność roślin na stres biotyczny i abiotyczny, ekologiczne i molekularne podstawy interakcji pomiędzy gospodarzem roślinnym a patogenem oraz opracowujemy nowe metody kontroli chorób roślinnych.
Laboratorium roślinnych kultur in vitro
Laboratorium roślinnych kultur in vitro składa się z jednego pomieszczenia do pasażu materiału roślinnego oraz dwóch komór wzrostu. W pokoju pasażu, który wyposażony jest w dwie komory laminarne z lampami UV, eksplanty poddawane są mikropropagacji. W klimatyzowanych komorach wzrostu znajdują się regały do kultur in vitro wyposażone w regulowane źródła światła, co zapewnia optymalne warunki wzrostu roślin. Laboratorium wykorzystywane jest do zakładania kultur roślin aksenicznych, utrzymywanych na sztucznych podłożach w kontrolowanych warunkach. Roślinne kultury in vitro stanowią dla nas nieodzowne narzędzie w prowadzeniu nowoczesnych badań o charakterze środowiskowym i rolniczym, przez co mają duży wpływ na rozwój współczesnej agronomii. Roślinne kultury in vitro wykorzystywane są przez nas do badania interakcji pomiędzy roślinami, ich patogenami oraz symbiontami.
Wyposażenie:
Microscopy Zeiss Axiostar Plus
Axiostar plus to mikroskop do obserwacji w świetle przechodzącym oraz epifluorescencji. Idealnie nadaje się do pojedynczej fluorescencji, do wizualizacji drobnych struktur w biologii i medycynie. Źródła światła HBO zapewnia odpowiednią widmową intensywność światła. Mikroskop wyposażony jest w planachromatyczne 10x, 40x, 100x obiektywy o wysokiej rozdzielczości ICS (system optyki z korekcją do nieskończoności). Mikroskop połączony jest z kamerą DLT-Cam Pro 6,3 MP i oprogramowaniem DLT-Cam Viewer.
Więcej informacji:: https://www.zeiss.com/microscopy/int/home.html
Mikroskop stereoskopowy Carl Zeiss Stemi 2000-C
Mikroskop stereoskopowy Stemi 2000-C przeznaczony jest do różnego rodzaju prac mikroskopowych w świetle odbitym jak i przechodzącym. Zapewnia całkowity zakres powiększenia 6,5x – 50x. Głowica trinokularowa pozwala zamontować kamerę lub aparat cyfrowy. Mikroskop posiada źródło zimnego światła Zeiss KL 1500 LCD.
Więcej informacji: https://www.zeiss.com/microscopy/int/home.html
Liofilizator LyoQuest (DAN LAB, Telstar)
Liofilizator przeprowadza proces usuwania wody zwykle stosowany w celu konserwacji łatwo psujących się materiałów, przedłużenia trwałości lub ułatwienia transportu materiału. Liofilizatory działają poprzez zamrażanie materiału, a następnie zmniejszanie ciśnienia i dodawanie ciepła, aby umożliwić sublimację zamarzniętej wody w materiale. W naszym Zakładzie liofilizator służy do zamrażania suchego, sterylnego materiału roślinnego do dłuższego przechowywania lub do analiz molekularnych.
Więcej informacji: https://danlab.pl/nasze-produkty/urzadzenia-chlodnicze/liofilizatory/liofilizatory-lyoquest/
pH-metr – konduktometr (CPC-505, Elmetron)
Urządzenie służy do pomiaru: pH, potencjału redox, konduktanji, odporności , zasolenia, TDS I temperatury. Jest niezbędny w do przygotowania różnego rodzaju roztworów oraz pożywek oraz analizy właściwości fizykochemicznych gleby bądź wody.
Więcej informacji: https://elmetron.com.pl/CPC-505.html
Sonic ruptor 250
Sonikator- homogenizator ultradźwiękowy, jego działanie opiera się na zjawisku kawitacji ultradźwiękowej w wyniku której tworzą się mikroskopijne pęcherzyki par, które implodując generują fale uderzeniowe wywołujące intensywne mieszanie lub rozdrabnianie cieczy i zawiesin. Wykorzystywany jest on do homogenizacji niemieszalnych cieczy, dyspersji i deaglomeracji ciał stałych w cieczach np. nanocząstek, odgazowywania cieczy, przyśpieszania reakcji chemicznych i enzymatycznych, stymulowania aktywność bakterii, bądź dezintegracji komórek i tkanek.
Więcej informacji: https://pdf.directindustry.com/pdf/omni-international/omni-sonic-ruptor-ultrasonic-homogenizer/63078-116158.html
Spectrometer Nanodrop
Thermo Scientific NanoDropTM 2000 / 2000c – to spektrofotometr o pełnym spektrum UV-Vis. Ich zastosowanie obejmuje kwantyfikację i ocenę czystości DNA, RNA, białka i innych. Posiada możliwość pomiaru objętości próbek już od 0,5 μL z dużą dokładnością i powtarzalnością.
Więcej informacji:
https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/ND-2000#/ND-2000
Transilluminator UVP MultiDoc-It UV
Transiluminator MultiDoc-It przeznaczony jest do wykonywania obrazów żelu. Szerokie drzwiczki z okienkiem chroniącym przed promieniowaniem UV zapewniają łatwy i bezpieczny sposób obserwacji żelu znajdującego się wewnątrz transiluminatora. Kamera zamontowana na szczycie ciemni z filtrem z bromku etydyny gwarantuje wysoką jakość zdjęć. Oprogramowanie MultiDoc-It umożliwia użytkownikowi zmianę różnych parametrów, takich jak apertura, kontrast, zoom jasności itp. podczas wykonywania zdjęcia. Przyrząd służy do potwierdzenia obecności kwasów nukleinowych uzyskanych po PCR i elektroforezie. Zdjęcia można następnie zapisać w formatach takich jak jpg. czy png..
Więcej informacji:
https://www.uvp.com/products/bioimaging-systems/basic-imaging-systems/uvp-multidoc-it/
SpectraMax iD3
Czytnik płytek mikrotitracyjnych SpectraMax iD3 jest nowoczesnym urządzeniem przeznaczonym do przeprowadzania pomiarów absorbancji, fluorescencji oraz luminescencji. W zależności od pożądanych warunków wykonania analizy, próbki mogą być inkubowane w zintegrowanym z urządzeniem inkubatorze. Eksperymenty można prowadzić z zachowaniem kontrolowanych parametrów, obejmujących temperaturę, czas oraz mieszanie próbek.
Czytnik płytek mikrotitracyjnych SpectraMax iD3 może być wykorzystany do następujących analiz:
- Pomiary absorbancji:
- Krzywa zwrostu hodowli mikroorganizmów na podstawie pomiaru gęstości optycznej
- Test MIC (Minimum Inhibitory Concentration)
- Żywotność komórek, proliferacja komórek oraz badanie cytotoksyczności
- Analizy kolorymentryczne (np. dla białek)
- Badanie aktywności enzymatycznej oraz kinetyki reakcji enzymatycznej
- Test immunoenzymatyczny ELISA
- Pomiar stężenia kwasów nukleinowych
- Badanie endotoksyn
- Pomiary fluorescencji:
- Pomiar stężenia kwasów nukleinowych i białek
- Badanie nanocząstek
- Badanie cAMP
- Badanie stężenia wapnia
- Badanie proliferacji komórek oraz apoptozy
- Badanie cytotoksyczności
- Pomiary luminescencji:
- Badanie z wykorzystaniem lucyferazy
- Pomiar stężęnia ROS
- Badanie żywotności komórek oparte na ATP
Więcej informacji: https://www.moleculardevices.com/products/microplate-readers/multi-mode-readers/spectramax-id3-id5-readers
Roche LightCycler® 480 Instrument II
System LightCycler® 480 to wysokowydajna, zautomatyzowana platforma PCR o średniej i wysokiej przepustowości (płytki 96-dołkowe), która zapewnia różne metody wykrywania genów, analizy ich ekspresji, analizy zmienności genetycznej i walidacji danych macierzy. PCR w czasie rzeczywistym może generować sygnał fluorescencji przy użyciu sond znakowanych fluorescencyjnie, co pozwala na wykrywanie i określenie ilości amplifikowanego DNA. Instrument ten służy do wykrywania i kwantyfikacji genów roślin.
Więcej informacji:
https://lifescience.roche.com/en_pl/products/lightcycler14301-480-instrument-ii.html
OPROGRAMOWANIE:
Sequencher version 5.4.6 [Gene Codes Corporation]
Sequencher is a DNA sequence editing tool. You can look at your chromatogram data one sequence at a time or view multiple aligned chromatograms in both forward and reverse orientations. Sequencher makes traditional sequence assembly easy while keeping you in control. The Sequencher features include: Trim your sequences for poor quality data with ease. Selection of the best algorithm for your data including Assemble to Reference and if you are working with multiple samples from different sources then automate the assembly using Assemble by Name. Editing your data with tools to help you locate and deal with ambiguities, check for heterozygotes and move around your data.
Więcej informacji: http://www.genecodes.com/
Statsoft Statistica 13.3.721.1
Program Statistica jest powszechnie wykorzystywany na całym świecie i znajduje zastosowanie w każdej branży. Jego główne atuty to: zestaw najnowocześniejszych narzędzi analitycznych, łatwość stosowania i bogate możliwości wizualizacji danych. Przygotowane przez zespół StatSoft Polska dodatkowe specjalizowane zestawy analityczne sprawiają, że praca staje się jeszcze wygodniejsza i efektywniejsza. Program pozwala obliczać praktycznie wszystkie, powszechnie używane statystyki opisowe, w tym mediany, wartości modalne, kwartyle, określone przez użytkownika percentyle, średnie i odchylenia standardowe, rozstępy kwartylowe, przedziały ufności dla średniej, współczynniki asymetrii i kurtozy (wraz z odpowiednimi błędami standardowymi), średnie harmoniczne, geometryczne oraz wiele innych. Program pozwala też na wykonywanie zaawansowanych analiz takich jak regresja czy korelacja, PCA itp., które są często wykorzystywane podczas podsumowania wyników badań.
Więcej informacji: https://www.statsoft.pl/
Wyparka rotacyjna z łaźnią wodną, pompą próżniową i układem chłodzenia
Wyparkę rotacyjną z łaźnią wodną, pompą próżniową i systemem chłodzenia stosuje się przede
wszystkim do wydajnego i delikatnego usuwania rozpuszczalników z próbek poprzez odparowywanie. Połączona konfiguracja umożliwia wydajne odparowanie rozpuszczalnika, chroniąc jednocześnie związki wrażliwe na ciepło i umożliwiając bezpieczne, kontrolowane odzyskiwanie lotnych rozpuszczalników. Ma ona różnorodne zastosowania w takich dziedzinach jak chemia organiczna, badania farmaceutyczne i analiza żywności, ponieważ umożliwia:
Koncentrację roztworów: Jest powszechnie stosowana do zagęszczania roztworów poprzez odparowanie nadmiaru rozpuszczalników. Pomaga to zagęścić próbki lub przygotować je do dalszej analizy lub reakcji.
Usuwanie rozpuszczalników: Wyparką rotacyjną można skutecznie usuwać rozpuszczalniki organiczne z mieszaniny bez nadmiernego ogrzewania, co jest idealne w przypadku związków wrażliwych na ciepło, które mogą ulec degradacji w przypadku narażenia na wysokie temperatury. Niskie ciśnienie z pompy próżniowej obniża temperaturę wrzenia rozpuszczalnika, umożliwiając jego odparowanie w niższych temperaturach.
Oczyszczanie i ekstrakcję: Naukowcy wykorzystują odparowywanie rotacyjne do oczyszczania związków poprzez selektywne odparowywanie rozpuszczalników o różnych temperaturach wrzenia, co jest przydatne przy oddzielaniu niektórych związków z mieszanin lub izolowaniu konkretnych ekstraktów, takich jak olejki eteryczne.