Tematyka badawcza

Tematyka badawcza Zespołu dotyczy komórkowej organizacji ekspresji genów u roślin. Prowadzone badania, w których bierze udział cały zespół naukowy Zakładu, koncentrują się na następujących zagadnieniach:

• Wewnątrzkomórkowa lokalizacja elementów systemu splicingowego.
• Natura i funkcja jądrowych ciał typu Cajal bodies oraz innych typów ciał jądrowych.
• Organizacji chromatyny i epigenetycznej regulacji ekspresji genów w komórkach linii płciowej i podczas wczesnych etapów embriogenezy u roślin.
• Biogenezy i metabolizu mikro RNA w komórkach somatycznych i komórkach linii płciowej u roślin.

Badania prowadzone są na modelowych komórkach roślinnych (głównie mejocytach modrzewia i protoplastach tych komórek, komórkach somatycznych i generatywnych Arabidopsis thaliana i komórkach generatywnych hiacynta). Stosowane metody obejmują techniki hybrydyzacyjne, immunozłotowe (mikroskop elektronowy), immunofluorescencyjne (fluorescencyjny mikroskop konfokalny) oraz inne techniki biologii komórki i biologii molekularnej takie jak: sekwencjonowanie nowej generacji, Single molecule FISH (techniką Stellaris) ? detekcja pojedyńczych stranskryptów mRNA, pri-miRNA, badanie ekspresji genetycznej in vivo hybrydyzacja sond molecular beacon po mikroiniekcji do jądra lub cytoplazmy, ilościowa analiza RNA metodą łańcuchowej Reakcja Polimerazy w czasie Rzeczywistym (Real Time PCR), badanie oddziaływań między białkami, białko-RNA, RNA-RNA metodą PLA (Proximity ligation assay), laserowa mikrodysekcja, RNA immunoprecypitacja i RIPseq.

Zespół dysponuje m.in. aparaturą do cyfrowej analizy obrazu i analizatorem obrazu wpółpracującującym z mikroskopem Zeiss, mikroskopem świetlnym przystosowanym do pracy w jasnym polu i fluorecencji, model Olympys BX 50 z kamerą cyfrową do rejestracji obrazów mikroskopowych i oprogramowaniem B-Cell, urządzenie do automatycznej mikroiniekcji komórek w zawiesinie i przylegających firmy Eppendorff bazujące na fluorescencyjnym odwróconym mikroskopie firmy Nikon, NanoDrop One (ND-ONE-W) do pomiarów stężeń i jakości kwasów nukleinowych oraz białek, termocyklerami w tym do qPCR, komorami laminarnymi, mikrotomem Leica VT 1200S, wibratomem do ciecia skrawków żywego i utrwalanego materiału bez zatopienia w żywicach, kriotomem Leica, zamrażarkami niskotemperaturowymi, komorami do hodowli itp. Pracownicy Zakłady korzystają ponadto z pozostałej aparatury znajdującej się w Katedrze Biologii Komórkowej i Molekularnej w tym w Laboratorium Mikroskopii Elektronowej i Konfokalnej (kierownik: dr hab. Janusz Niedojadło) – mikroskop elektronowy Joel JEM 1100 pracujący w układzie cyfrowym oraz z mikroskopu konfokalnego firmy Nikon a także ze sprzętu znajdującego sie w Interdyscyplinarnym Centrum Nowoczesnych Technologii UMK w ramach pracy Zespołu Genomiki Funkcjonalnej w badaniach biologicznych i biomedycznych.